Les micro-organismes : une histoire simple et complexe

Le monde des micro-organismes, la flore intestinale, comprend levures, champignons, parasites, amibes … mais surtout deux familles, les bactéries et les virus. Ils sont présents en pathologie humaine et pour lesquelles la pandémie de la COID-19 démontre la difficulté du combat thérapeutique.

Le corps de chacun d’entre nous contient son propre microbiote composé de centaines d’espèces totalisant des milliards d’individus dont la plupart, pas tous hélas, est bénéfique. Jetons un coup d’œil sur quelques-uns de ces hôtes>.

Les champignons

Leur développement est t souvent favorisé par le manque d’hygiène mais il peut aussi résulter d’un mauvais usage d’antibiotiques pour traiter les maladies infectieuses.

En effet, donnés à bon ou mauvais escient, les antibiotiques peuvent détruire les germes saprophytes (non pathogènes) qui existent à l’état normal à la surface de la peau ou dans l’intestin et qui empêchent les éléments pathogènes de se développer. Ceci démontre l’intérêt de n’utiliser les antibiotiques que dans des indications précises et justifiées.

Le même mécanisme peut être observé aussi chez tous les sujets dont les défenses immunitaires sont abaissées (immunodéprimés) suite aux chimiothérapies ou au VIH.

On distingue deux catégories de champignons :

• Le Candida albicans, par exemple, le muguet de l’enfant ou les candidoses qui touchent les plis de flexion (aine, sillon sous mammaire, etc.). Des traitements antimycosiques existent comme des crèmes ou certains vernis pour les ongles.
• Les Dermatophytes touchent également les plis de flexion et les ongles. Ils se traitent par un antibiotique antimycosique la Griséofuline, en crème ou en cachet.

Les amibes

Elles se rencontrent le plus souvent dans les pays équatoriaux, suite à la consommation d’eau non potable ou lors de baignades, mais le développement des voyages lointains permet également de constater des amibiases en France. Elles provoquent essentiellement une diarrhée sanglante, avec une altération de l’état général, mais elles se traitent bien par un anti parasitaire appelé Métronidazole.

Les bactéries

Elles sont sous nos climats les micro-organismes très fréquemment à l’origine de pathologies. Ce sont des organismes unicellulaires vivants, dotés d’une membrane et d’un matériel génétique (ADN) leur permettant de se reproduire seuls et ainsi d’envahir et infecter un organe ou un organisme.

L’immense majorité d’entre elles sont heureusement inoffensives et souvent bénéfiques. Mais certains sont à l’origine de nombreuses maladies infectieuses : tuberculose, choléra, syphilis, tuberculose, l’otite moyenne, l’amygdalite, angine, pneumonie, bronchite, sinusite ou encore coqueluche … L’une d’entre elles, la Colibacille ou Escherichia coli, est à l’origine d’infections urinaires bien connues des femmes. Elle vit à l’état normal dans l’intestin mais peut migrer facilement vers la vessie du fait de la proximité de ces deux organes. Les femmes sont spécialement concernées à cause d’une différence anatomique avec l’urètre de l’homme et du fait qu’elles ne boivent pas assez.

Les bactéries ont le pouvoir d’effectuer des mutations et de transformer leur patrimoine génétique, ce qui leur permet de résister aux antibiotiques. Elles sont aussi capables de résister à chacun des antibiotiques administrés au cours du temps et de devenir multi résistantes, notamment en milieu hospitalier. Des antibiotiques sont en outre parfois utilisés sur des maladies virales – sur lesquelles ils sont d’ailleurs inefficaces – et il devient ainsi de plus en plus difficile de trouver un antibiotique efficace, ce qui peut mettre en jeu le pronostic vital. Mais, pour compliquer la chose, il peut arriver qu’à une infection virale s’ajoute une surinfection bactérienne, ce qui alors justifie un traitement antibiotique légitime.

Pour certaines bactéries qui risque d’être à l’origine d’épidémies (tuberculose, méningite, tétanos, diphtérie, poliomyélite, etc.), l’injection préventive d’extraits bactériens atténués permet à l’organisme d’élaborer des anticorps qui protégeront le patient spécifiquement, c’est le principe du vaccin.

Les virus

Leur structure et leur mode d’action sont différents de ceux des bactéries, mais, tout comme elles, ils peuvent être à l’origine de maladies graves : hépatites, VIH, varicelle, COVID … Comme les bactéries ils peuvent effectuer des mutations en faisant évoluer leur patrimoine génétique. Entourés d’une membrane appelée capside, ils ne contiennent qu’un seul type d’acide nucléique, ADN ou ARN qui constitue le génome viral.

Ils se reproduisent à partir de leur matériel génétique par réplication mais ils ne peuvent le faire qu’en parasitant d’autres cellules vivantes. Ne possédant aucun système d’énergie, ils détournent la machinerie cellulaire parasitée à leur profit pour assurer leur pérennité et leur multiplication. Ils peuvent donc diffuser très rapidement, comme nous l’avons récemment avec la COVID-10, mais c’est également le cas pour tous les autres virus.

Lors de la contamination, le virus pénètre à l’intérieur de la cellule et force le noyau de celle-ci à fabriquer de l’ADN ou ARN viral identique au sein, permettant l’explosion ensuite de la cellule et la libération de milliers de virus, d’où sa contagiosité.

Cette diffusion rapide et exponentielle qui a fait donner, par assimilation, leur nom aux virus informatiques.

Le fait de contracter une affection virale fait que l’organisme humain va élaborer à chaque fois des anticorps capables de lutter spécifiquement contre ce virus particulier, mais comme il en existe des milliers, il faut des années pour que l’organisme se dote d’une panoplie d’anticorps large et suffisamment protectrice. Ceci explique les rhinopharyngites à répétition de l’enfant jusqu’à 6 ans, âge auquel ils sont totalement immunisés.

Le virus de la grippe saisonnière mute chaque année et oblige les chercheurs à améliorer le vaccin de l’année précédente pour l’année suivante prospectivement. C’est également ce qui rend extrêmement difficile et long l’élaboration de vaccins spécifiques pour chacun d’eux, de l’ordre de 12 à 18 mois.

Pierre Lévy

 

La rédaction vous conseille